La presidencia de la Asociación Latinoamericana de Botánica está a cargo de un Comité Ejecutivo integrado por el Presidente, dos Vicepresidentes, Secretario(s) y Tesorero. El Comité Ejecutivo de ALB, en conjunto con asociaciones nacionales de botánica y afines, generará recomendaciones en la definición de políticas públicas ambientales regionales, de manera especial sobre la flora. El Presidente y los dos Vicepresidentes son elegidos por la Asamblea General Ordinaria para un período de cuatro años y no podrán ser reelegidos. Los Secretario (s) y el Tesorero serán designados por el Presidente.

El Comité Ejecutivo administra y ejerce control general sobre todas las actividades de la Asociación y organiza y preside el Congreso Latinoamericano de Botánica. Además, representa a la ALB ante la Comunidad Botánica Internacional y rinde informes anuales de las actividades de la Asociación al Consejo Superior y la membresía.