El Consejo Superior de la Asociación Latinoamericana de Botánica es un órgano de supervisión general integrado por 11 miembros activos. Las funciones fundamentales del Consejo Superior son: acompañar y evaluar las actividades de la ALB, formular objetivos prioritarios, proponer y organizar actividades y acciones que ayuden en el fortalecimiento de la Botánica en los países latinoamericanos, supervisar el estado financiero de la Asociación, participar en la elaboración de programas de actividades, así como, aprobar los informes y proponer los Socios Honorarios.